Genetic study The POPGEN project: building a French reference panel of genomes

[Tautalus]

The POPGEN project aims to build a French-specific genomic reference panel. The study began with a large volunteer pool and progressively selected individuals for SNP-chip genotyping and then whole-genome sequencing, ensuring broad geographic representation across French departments.
Preliminary SNP-chip analyses revealed clear evidence of fine-scale population stratification within France.
Using haplotype-based methods such as ChromoPainter and visualization techniques like UMAP, researchers identified multiple genetic clusters that closely correspond to geographic regions and departments.
Although the proportion of genetic variance explained by regional divisions is small, it is statistically significant, showing that France is not genetically homogeneous. The historical regional structure is visible in the genome and the genetic similarity decreases gradually with geographic distance.
Identity-by-descent analyses further indicate that much of this structure reflects relatively recent shared ancestry, particularly within the last 1,500 years.
We can see by the relative contribution of European populations from the 1000 Genomes Project to the imputation of POPGEN individuals that no single European reference population adequately represents French genetic diversity. Different French regions show varying genetic affinities with neighboring European groups, reflecting geography and historical migrations. Northwestern France show higher similarity to British-related 1000G populations, southern France show higher similarity to Iberian (Spanish) populations and southeastern France show higher similarity to TSI (Central/Italian) populations.
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https://pfmg2025.fr/wp-content/uploads/2024/12/Popgen_Herzig_ASHG_IGES.pdf

 

[Vitruvius]

The POPGEN project aims to build a French-specific genomic reference panel. The study began with a large volunteer pool and progressively selected individuals for SNP-chip genotyping and then whole-genome sequencing, ensuring broad geographic representation across French departments.
Preliminary SNP-chip analyses revealed clear evidence of fine-scale population stratification within France.
Using haplotype-based methods such as ChromoPainter and visualization techniques like UMAP, researchers identified multiple genetic clusters that closely correspond to geographic regions and departments.
Although the proportion of genetic variance explained by regional divisions is small, it is statistically significant, showing that France is not genetically homogeneous. The historical regional structure is visible in the genome and the genetic similarity decreases gradually with geographic distance.
Identity-by-descent analyses further indicate that much of this structure reflects relatively recent shared ancestry, particularly within the last 1,500 years.
We can see by the relative contribution of European populations from the 1000 Genomes Project to the imputation of POPGEN individuals that no single European reference population adequately represents French genetic diversity. Different French regions show varying genetic affinities with neighboring European groups, reflecting geography and historical migrations. Northwestern France show higher similarity to British-related 1000G populations, southern France show higher similarity to Iberian (Spanish) populations and southeastern France show higher similarity to TSI (Central/Italian) populations.
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It's impressive how well ancestry mirrors geography here. As expected from previous samples Corsicans overlap central/north Italy.

 

[MOESAN]

THanks. It isn't in opposition to two other surveys about France.

THanks. It isn't in opposition to two other surveys about France.

It's impressive how well ancestry mirrors geography here. As expected from previous samples Corsicans overlap central/north Italy.

Agree. But it isn't only kind of pure geographic proximity - by instance Bretagne is closer to the bulk of Britain that are Normandy and Northern France spite geography ; Northern France is closer to (Western) Germany, even Normandy is; so the different proportions of Celtic and Germanic sharings, even if we know western Germans are not pure Germanics. The same cpuld be said about Basque country and Gascony. I 'll see if I find the previous studies about France pop in this forum.

 

[HereToLearn]

It's impressive how well ancestry mirrors geography here. As expected from previous samples Corsicans overlap central/north Italy.

TBH in respect to Corsica with those surnames I would have been surprised if they weren't. To me it's more interesting to confirm that even on the mainland this principle applies to "ethnic" French with French surnames apparently.

 

[MOESAN]

TBH in respect to Corsica with those surnames I would have been surprised if they weren't. To me it's more interesting to confirm that even on the mainland this principle applies to "ethnic" French with French surnames apparently.

I'll try to put some extracts of other surveys about whole France or Western France; here a compilation by Bernard Sécher, in French helas (but scientific language is rather international :

Isabel Alves et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Genetic population structure
across Brittany and the downstream Loire basin provides new insights on the demographic history
of Western Europe. Ils ont analysé le génome de 3234 individus de la Bretagne et des Pays de la
Loire, dont le séquençage à haute couverture de 620 échantillons. A titre de comparaison, ils ont
également analysé le génome de 236 individus d'autres régions françaises, et ajouté les génomes
disponibles d'autres populations actuelles ou anciennes d'Europe.
Enfin ils ont aussi analysé le génome de six anciens individus de l'ouest de la France dont deux
individus (fra001 et fra004) de Rezé, banlieue de Nantes située au sud de la Loire datés entre l'an
340 et l'an 545, deux individus (fra016 et fra017) de la nécropole Mérovingienne de Chéméré situé
au sud de la Loire datés entre 600 et 700, et enfin deux individus de la ville d'Angers située au nord
de la Loire et datés le premier (fra009) entre 401 et 539 et le second (fra008) entre 943 et 1024:
Les auteurs ont commencé par exploré la structure génétique de la population actuelle de l'ouest de
la France à l'aide du logiciel: fineStructure. Ils ont ainsi mis en évidence 154 clusters différents dont
78 comportent moins de dix individus. C'est équivalent aux résultats précédemment publiés pour
l’Espagne et le nombre de clusters est supérieur à celui trouvé pour la Grande Bretagne. A l'échelle
la plus grossière, les auteurs ont identifié trois clusters principaux séparant l'ouest de la Bretagne,
l'est de la Bretagne avec le nord des Pays de la Loire et le sud des Pays de la Loire:
De manière intéressante cette répartition est équivalente à celle réalisée à partir de la distribution
géographique des patronymes de la région.
A une échelle intermédiaire pour laquelle les auteurs identifient 18 clusters différents, l'ouest de la
Bretagne se divise en quatre groupes, l'est de la Bretagne avec le nord des Pays de la Loire se divise
en cinq groupes, alors que le sud des Pays de la Loire se divise en neuf groupes dont quatre pour
seulement la petite région des Mauges située au sud de la Loire entre Nantes et Angers:
...] Sorry I've some problems with the pictures, maps... I'll try to found a solution.
It isn't finished, of course!

 

[Vitruvius]

TBH in respect to Corsica with those surnames I would have been surprised if they weren't. To me it's more interesting to confirm that even on the mainland this principle applies to "ethnic" French with French surnames apparently.

I think in Southern France the overlap we are seeing are the clear results of colonization from Greek and Italian populations in the ancient and modern era. Cities like Nice (previously Nizza) used to be vastly majority ethnically Italian cities until even very recently. This phenomenon is perhaps similar to how Greek ancestry is still seen strongly reflected in Southern Italy.

Corsica of course is similar in that it's history and ethnicity has been heavily tied to the Italian mainland - particularly Etruria/Toscana and Genoa up until the 1786 treaty of Versailles.

 

[Vallicanus]

I think in Southern France the overlap we are seeing are the clear results of colonization from Greek and Italian populations in the ancient and modern era. Cities like Nice (previously Nizza) used to be vastly majority ethnically Italian cities until even very recently. This phenomenon is perhaps similar to how Greek ancestry is still seen strongly reflected in Southern Italy.

Corsica of course is similar in that it's history and ethnicity has been heavily tied to the Italian mainland - particularly Etruria/Toscana and Genoa up until the 1786 treaty of Versailles.

Don't you mean 1768, the year before Napoleon's birth?

 

[Vitruvius]

Don't you mean 1768, the year before Napoleon's birth?

Yes, good catch on my mistake. The 1768 (not 1786) treaty of Versailles is what I was referring to.

 

[HereToLearn]

I think in Southern France the overlap we are seeing are the clear results of colonization from Greek and Italian populations in the ancient and modern era. Cities like Nice (previously Nizza) used to be vastly majority ethnically Italian cities until even very recently. This phenomenon is perhaps similar to how Greek ancestry is still seen strongly reflected in Southern Italy.

As far as I can read from the abstract the similariry is with Central-Northern Italians (as I would suspect) so probably the Greeks don't enter the picture. IMO It's more due to a common ancient (and possibly more recent, too) Ligurian subtsratum.

 

[MOESAN]

 

[MOESAN]

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[MOESAN]

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[MOESAN]

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

 

[MOESAN]

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):

 

[MOESAN]

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):
Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France avec ceux d'autres régions françaises. La figure ci-dessous à gauche montre une Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des variants communs. Elle ne permet de différencier que les génomes Bretons. Par contre l'Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des seuls variants rares (ci-dessous au centre) permet de mieux différencier les différentes régions françaises:

Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France à d'autres génomes Européens. Les génomes français se positionnent sur un gradient reliant l’Europe du nord-ouest à l'Europe du sud-ouest, les génomes de Nouvelle Aquitaine étant proches de ceux de la péninsule Ibérique alors que les génomes Bretons sont proches de ceux des îles Britanniques. A l'inverse, les génomes du nord-est de la France sont décalés vers ceux d'Europe Centrale:

 

[MOESAN]

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):
Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France avec ceux d'autres régions françaises. La figure ci-dessous à gauche montre une Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des variants communs. Elle ne permet de différencier que les génomes Bretons. Par contre l'Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des seuls variants rares (ci-dessous au centre) permet de mieux différencier les différentes régions françaises:

Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France à d'autres génomes Européens. Les génomes français se positionnent sur un gradient reliant l’Europe du nord-ouest à l'Europe du sud-ouest, les génomes de Nouvelle Aquitaine étant proches de ceux de la péninsule Ibérique alors que les génomes Bretons sont proches de ceux des îles Britanniques. A l'inverse, les génomes du nord-est de la France sont décalés vers ceux d'Europe Centrale:

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[MOESAN]

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):
Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France avec ceux d'autres régions françaises. La figure ci-dessous à gauche montre une Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des variants communs. Elle ne permet de différencier que les génomes Bretons. Par contre l'Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des seuls variants rares (ci-dessous au centre) permet de mieux différencier les différentes régions françaises:

Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France à d'autres génomes Européens. Les génomes français se positionnent sur un gradient reliant l’Europe du nord-ouest à l'Europe du sud-ouest, les génomes de Nouvelle Aquitaine étant proches de ceux de la péninsule Ibérique alors que les génomes Bretons sont proches de ceux des îles Britanniques. A l'inverse, les génomes du nord-est de la France sont décalés vers ceux d'Europe Centrale:

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):
Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France avec ceux d'autres régions françaises. La figure ci-dessous à gauche montre une Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des variants communs. Elle ne permet de différencier que les génomes Bretons. Par contre l'Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des seuls variants rares (ci-dessous au centre) permet de mieux différencier les différentes régions françaises:

Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France à d'autres génomes Européens. Les génomes français se positionnent sur un gradient reliant l’Europe du nord-ouest à l'Europe du sud-ouest, les génomes de Nouvelle Aquitaine étant proches de ceux de la péninsule Ibérique alors que les génomes Bretons sont proches de ceux des îles Britanniques. A l'inverse, les génomes du nord-est de la France sont décalés vers ceux d'Europe Centrale:

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Les analyses avec la statistique f4 et le logiciel qpAdm montrent qu'il y a une continuité génétique dans le nord-ouest de la France depuis le Moyen-Âge.

Les auteurs ont ensuite exprimé les populations françaises et les anciens individus du Moyen-Âge de cette étude en fonction des trois anciennes ascendances: chasseurs-cueilleurs (WHG), fermiers (EF) et pasteurs des steppes (SP). Les populations du nord: Hauts de France (HAU), Normandie (NOR), Bretagne est avec le nord des Pays de Loire (EBP) et Bretagne ouest (WBR) ont une proportion d'ascendance des steppes qui varie de 42 à 46%. Cette proportion est inférieure à 40% pour les régions plus au sud: Sud Loire (SLO), Nouvelle Aquitaine (NOU) ou plus à l'est: Grand Est (GRA).

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Le groupe Maine-Anjou comprend le plus grand nombre d'individus (799) et couvre la plus grande région géographique. Il est suivi par le groupe Bretagne Centre qui comprend 344 individus et qui s'étire du nord au sud de la Bretagne. Au sud de la Loire les quatre groupes des Mauges: Mauges1, Mauges2, Mauges3 et Vendée Nord ont peu contribué génétiquement aux autres groupes et présentent une dérive génétique importante suggérant une plus grande isolation de ces régions. Ces résultats sont confirmés par l'analyse de l'identité par descente et des segments d'homozygotie qui suggèrent une plus faible population dans la région des Mauges. Une structure équivalente apparait pour l'ouest de la Bretagne pour des plus petits segments d'homozygotie suggérant une isolation et une plus faible population de la région à une date plus ancienne que pour les Mauges.

De manière intéressante les auteurs ont mis en évidence un parallèle entre le découpage des clusters génétiques et le découpage géographique suivant certaines caractéristiques linguistiques en Bretagne: h aspiré ou non, la consonne fricative alvéolaire sourde qui transforme le s en z, palatalisation du h en j. Il y a aussi un parallèle entre le découpage en clusters génétiques et le découpage en fonction de la fréquence des patronymes. En résumé on peut conclure que la langue a eu un impact sur la structure génétique de l'ouest de la France.

Les auteurs ont ensuite investigué l'influence des rivières sur la structure génétique. On a vu que la Loire est une frontière génétique importante puisqu'elle sert de frontière à tous les clusters qu'elle traverse. D'autre part, à l'ouest de la Bretagne, les clusters Léon et Cornouaille sont séparés de leurs voisins de l'est respectivement par les rivières Morlaix au nord et Laïta-Ellé au sud. De plus ils sont séparés l'un de l'autre par l'Aulne. Le cluster de Vannes est délimité à l'ouest par le Blavet et au nord par l'Oust. Le cluster Nantes est délimité au nord par le Semnon et à l'ouest par la Vilaine. Le cluster Malo-Rennais est délimité à l'ouest par le Gouessant, l'Yvel et l'Hivet et au sud par le Canut et le Semnon. Ces remarques suggèrent donc une influence importante des rivières sur la structure génétique du nord-ouest de la France

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L'évolution de la taille de la population au cours du temps montre qu'au début de notre ère l'ouest de la Bretagne avait la population la plus faible. Cependant vers l'an mille la taille de cette région dépasse celle du groupe du sud de la Loire. Ainsi l'augmentation de la population a été plus précoce dans l'ouest de la Bretagne qu'au sud de la Loire. Cette dernière région voit d'abord une légère diminution de sa population entre 1300 et 1600 avant une forte augmentation de sa population uniquement durant les dix dernières générations. La diminution de la population entre 1300 et 1600 a déjà été observée dans d'autres régions et peut être associée aux épidémies de peste qui ont sévi en Europe à cette époque.

Les variants rares sont particulièrement informatifs pour investiguer la structure génétique de la population récente à petite échelle. Les auteurs ont utilisé pour cela les 620 séquençages à haute couverture. Pour un découpage en trois clusters, les trois départements Bretons les plus à l'ouest se regroupent dans le même cluster (bleu dans la figure ci-dessous). Pour un découpage en quatre clusters le sud de la Loire se regroupe pour former un seul cluster (rouge foncé):
Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France avec ceux d'autres régions françaises. La figure ci-dessous à gauche montre une Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des variants communs. Elle ne permet de différencier que les génomes Bretons. Par contre l'Analyse en Composantes Principales réalisée à partir des seuls variants rares (ci-dessous au centre) permet de mieux différencier les différentes régions françaises:

Les auteurs ont ensuite comparé les génomes du nord-ouest de la France à d'autres génomes Européens. Les génomes français se positionnent sur un gradient reliant l’Europe du nord-ouest à l'Europe du sud-ouest, les génomes de Nouvelle Aquitaine étant proches de ceux de la péninsule Ibérique alors que les génomes Bretons sont proches de ceux des îles Britanniques. A l'inverse, les génomes du nord-est de la France sont décalés vers ceux d'Europe Centrale:

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De manière intéressante les anciens individus du Moyen-Âge possèdent moins d’ascendance des steppes que les populations actuelles de la région, à l'exception d'un individu (fra016) de la nécropole Mérovingienne de Chéméré. D'autre part, les statistiques f3 et f4 montrent que les Bretons représentent la population française qui a le plus d'affinité génétique avec les anciens campaniformes

 

[Vitruvius]

As far as I can read from the abstract the similariry is with Central-Northern Italians (as I would suspect) so probably the Greeks don't enter the picture. IMO It's more due to a common ancient (and possibly more recent, too) Ligurian subtsratum.

It is well known that Marseille was founded as the ancient Greek colony of Massalia which is why I mention both. It's probably impossible to quantify how much contribution from each at this stage.

 

[HereToLearn]

It is well known that Marseille was founded as the ancient Greek colony of Massalia which is why I mention both. It's probably impossible to quantify how much contribution from each at this stage.

Any impact of the Greek colonies on broadly Southern France, in particular the area of Marseille, would definitely be an interesting topic to investigate. But the reported similarity here is of South-Eastern France (up almost to the borders with Switzerland) with "TSI", not with Greeks. As to my "theory" above which is not even a theory but just my two cents, I know very well that Tuscans (TSI) are not Ligurians yet they would be a better match to the latter than the Greeks.

On the other hand if you are implying that the Greek genetic profile is practically indistinguishable from that of Tuscans (which is highly debateable), then the same "TSI" (which in fact would be Greek, or the same as Greek) affinity should show up also in Empuries and other Greek colonies of the Western Mediterranean.